7. 病毒表达组 virus transcriptomic architecture
病毒的基因组即是复制的模板又是转录的模板,这个过程通常被RdRp所行使。负义的RNA为正义的RNA链和亚基因组RNA提供模板。正义的RNA通常被结构蛋白包裹后形成病毒粒子。短链的病毒亚基因组编码保守的结构蛋白(conserved structural proteins: spike protein [S], envelope protein [E], membrane protein [M], and nucleocapsid protein [N])和一些辅助蛋白。转录调节序列(transcription-regulatory sequences, TRS)与ORF相连接,包含了6-7个nt的保守序列,并且被病毒的序列包围,TRS可以导致不连续的转录,从而导致病毒不同基因的融合。这个现象再冠状病毒中已有报道,但到目前为止,其他病毒的基因表达策略研究甚少。病毒表达组是通过高通量测序手段研究病毒表达模式的新技术。
病毒特征分析
病毒亚基因组结构分析
基因不连续转录(Canonical discontinuous transcription)分析